As bolsas de mestrado e doutorado tem por finalidade contribuir para a formação de recursos humanos de alto nível necessários ao País e permitir que o programa de pós-graduação tenha condições adequadas para o desenvolvimento das atividades de pesquisa. As bolsas são provenientes de agências de fomento à pesquisa e por isso, então condicionadas à disponibilidade desses recursos ao programa.

O Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias tem bolsas das seguintes agências: CAPES, Fapemig e CNPq. A concessão da bolsa aos alunos é realizada respeitando a ordem de classificação no processo seletivo de ingresso no programa.  As bolsas de mestrado tem duração máxima de 24 meses e as de doutorado, de 48 meses. Candidatos estrangeiros devem se informar sobre o Programa de Estudantes-Convênio de Pós-Graduação da CAPES e sobre o TWAS do CNPq.

As agências de fomento exigem dos pós-graduandos, entre outros:

• Dedicação integral às atividades do curso;
• Não acumular a percepção de bolsa com qualquer modalidade de auxílio ou bolsa de outro Programa;
• Comprovar desempenho acadêmico satisfatório;
• Fixar residência na cidade onde realiza o curso;

É responsabilidade do orientador e do aluno o cumprimento das obrigações estipuladas pelas agências de fomento.